炎刚、孟泽、辰天三位乾元超人在被指挥官陈默背叛并封印力量后，陷入前所未有的困境。面对失去力量的绝望与Y组织的步步紧逼，三人试图寻找恢复力量的希望。在研究所废墟中，他们从罗教授临终托付的加密U盘中，得知了“神骸之种”的存在，那是远古异能的本源碎片，蕴含着足以改变战局的力量。三人由此踏上寻找碎片的艰险旅程。与此同时，Y组织也在陈默的指挥下，派出坤岚、幽冥、枫影三位黑暗超人争夺碎片。随着碎片的陆续出现，一场围绕“神骸之种”的激烈争夺正式拉开序幕。在战斗中，三人逐渐发现碎片力量背后隐藏的代价与危机，而陈默与Y组织背后的真正目的也逐渐浮出水面“净化计划”并非表面上的救赎，而是异种意识侵蚀地球的阴谋。

一股未知异能量突然爆发，导致生物异变成具有毁灭性的异种怪物，炎刚、孟泽、辰天等普通人在危机中意外觉醒，分别变身成为拥有特殊能力的赤焰、蓝渊、苍穹三位乾元超人。他们为了保护家园和亲人，与异种怪物展开了激烈的战斗。他们加入了专门对抗异种怪物的X组织，在一次又一次的任务中不断成长和增进实力。在X组织的训练下，他们的能力得到了进一步的提升，逐渐成为独当一面的英雄。但Y组织的三位黑暗超人突然出现，形势变得扑朔迷离，指挥官陈默也突然背叛X组织，将炎刚、孟泽、辰天的共鸣能力封印。面对这一突如其来的变故，李威、张岚、赵灵陷入了前所未有的困境，他们不仅要面对失去力量的现实，还要应对来自Y组织的威胁。